Annealing temperatuur

Gebruikersavatar
AdamCooman
The IRW God
The IRW God
Berichten: 2376
Lid geworden op: 28 nov 2007, 18:19
Locatie: Aalst
Contacteer:

Annealing temperatuur

Berichtdoor AdamCooman » 16 jun 2010, 15:13

Ok we hebben een mooi uitlegje om die te berekenen

It is recommended that a calculation of the optimum annealing temperature (Ta) for a primer be performed using one of several empirical formulas. A rough calculation can be made by adding 2°C for each A and T nucleotide present in the primer and 4°C for each G and C nucleotide and subtracting 5°C from the result.
Ta = Tm - 5°C


Maar hoeveel is Tm??
AdamCooman The IRW God
Als een link niet meer werkt, bezoek mijn site om het bestand te vinden
Afbeelding

Mooiste avatar: AdamCooman
Beste moderator: AdamCooman
ward
Regelmatig forumgebruiker
Regelmatig forumgebruiker
Berichten: 76
Lid geworden op: 22 mar 2010, 13:52

Re: Annealing temperatuur

Berichtdoor ward » 16 jun 2010, 15:20

Tm is niet zomaar een vaste waarde. De smelttemperatuur is namelijk sterk afhankelijk van de lengte van de streng.
Gebruikersavatar
ideglier
Prof in de forumwetenschappen
Prof in de forumwetenschappen
Berichten: 5400
Lid geworden op: 11 okt 2008, 18:27
Locatie: Asse

Re: Annealing temperatuur

Berichtdoor ideglier » 16 jun 2010, 15:20

Tm is de smelttemperatuur van uw primer en die hangt af van de lengte en uiteraard de gebruikte baseparen... Maar hoe je dat eruit berekend weet ik niet echt :S
I love the smell of petrol in the morning. Smells like ... SPEED!
Afbeelding
ward
Regelmatig forumgebruiker
Regelmatig forumgebruiker
Berichten: 76
Lid geworden op: 22 mar 2010, 13:52

Re: Annealing temperatuur

Berichtdoor ward » 16 jun 2010, 15:21

ik was eerst :p
Gebruikersavatar
AdamCooman
The IRW God
The IRW God
Berichten: 2376
Lid geworden op: 28 nov 2007, 18:19
Locatie: Aalst
Contacteer:

Re: Annealing temperatuur

Berichtdoor AdamCooman » 16 jun 2010, 15:25

aha, ik kan verschrikkelijk slecht lezen zo te zien

Ze zeggen daar dan dat ge die Tm kunt berekenen door het aantal A en T te vermenigvuldigen met 2 en het aantal G en C met 4 en daarvan dan de som te maken, maar wat doet ge met de jokers (N R en Y)?
AdamCooman The IRW God
Als een link niet meer werkt, bezoek mijn site om het bestand te vinden
Afbeelding

Mooiste avatar: AdamCooman
Beste moderator: AdamCooman
Gebruikersavatar
ideglier
Prof in de forumwetenschappen
Prof in de forumwetenschappen
Berichten: 5400
Lid geworden op: 11 okt 2008, 18:27
Locatie: Asse

Re: Annealing temperatuur

Berichtdoor ideglier » 16 jun 2010, 15:28

met de jokers, ja, daar kun je weinig mee doen eh, gemiddelde pakken van 3 :) ?
I love the smell of petrol in the morning. Smells like ... SPEED!
Afbeelding
Gebruikersavatar
AdamCooman
The IRW God
The IRW God
Berichten: 2376
Lid geworden op: 28 nov 2007, 18:19
Locatie: Aalst
Contacteer:

Re: Annealing temperatuur

Berichtdoor AdamCooman » 16 jun 2010, 15:29

klinkt verschrikkelijk grappig, maar ge zou wel is gelijk kunnen hebben
Ik zal het is nakijken in die voorbeelden
AdamCooman The IRW God
Als een link niet meer werkt, bezoek mijn site om het bestand te vinden
Afbeelding

Mooiste avatar: AdamCooman
Beste moderator: AdamCooman
Gebruikersavatar
AdamCooman
The IRW God
The IRW God
Berichten: 2376
Lid geworden op: 28 nov 2007, 18:19
Locatie: Aalst
Contacteer:

Re: Annealing temperatuur

Berichtdoor AdamCooman » 16 jun 2010, 15:39

Het is niet dat

en als ge annealing temperature zoekt op google vindt ge 100 verschillende formules, wat zijn exacte wetenschappen toch heerlijk
AdamCooman The IRW God
Als een link niet meer werkt, bezoek mijn site om het bestand te vinden
Afbeelding

Mooiste avatar: AdamCooman
Beste moderator: AdamCooman
Gebruikersavatar
AdamCooman
The IRW God
The IRW God
Berichten: 2376
Lid geworden op: 28 nov 2007, 18:19
Locatie: Aalst
Contacteer:

Re: Annealing temperatuur

Berichtdoor AdamCooman » 16 jun 2010, 15:43

Ik heb het, overal waar ge een joker gebruikt moogt ge het er niet bijtellen (ook als ge die joker ingevuld hebt door een base voor uw restrictiesite te bekomen)
en voor de rest is het gewoon (#A+#T)*2 + (#G + #C) -5
AdamCooman The IRW God
Als een link niet meer werkt, bezoek mijn site om het bestand te vinden
Afbeelding

Mooiste avatar: AdamCooman
Beste moderator: AdamCooman
ward
Regelmatig forumgebruiker
Regelmatig forumgebruiker
Berichten: 76
Lid geworden op: 22 mar 2010, 13:52

Re: Annealing temperatuur

Berichtdoor ward » 16 jun 2010, 17:39

Vanwaar komt die formule eigenlijk ?

Terug naar “Biotechnologie”

Wie is er online

Gebruikers op dit forum: Geen geregistreerde gebruikers en 1 gast

cron